Elliott, un enfant vivant avec son frère ainé Michael, sa petite s½ur Gertie et sa mère divorcée, va le trouver et l'aider. Une très forte amitié va se nouer entre eux, à tel point que des liaisons télépathiques vont s'instaurer.
Malheureusement, les autorités traquent le brave E.T. qui tombe peu à peu malade, entraînant avec lui Elliott auquel il est désormais psychiquement lié...